Zusätzlich zum regulären Unterricht bietet die Freiherr-vom-Stein-Schule in den einzelnen Jahrgängen unterschiedliche Arbeitsgemeinschaften mit verschiedenen Themenschwerpunkten an.
Im Schuljahr 2023/24 werden beispielsweise folgende AGs angeboten:
- Turn-AG
- Capoeira-AG
- Ballsport-AG
- Theater-AG
- Musik-AG
- Wohlfühl-AG
- Streitschlichter-AG
- Tischtennis-AG
- Schülerrat-AG